Câu chuyện kể về một thế giới nơi đột nhiên lục địa mới tên là Magmell đột nhiên xuất hiện trong đại dương. Một kỷ nguyên khai phá mới được mở ra. Các nhà thám hiểm đã đến hòn đảo này để tìm ra các dạng sống và tài nguyên chưa được biết tới trước đó và bộ truyện sẽ kể về chàng trai trẻ tuổi kiếm sống bằng nghề cứu trợ và giúp đỡ các nhà thám hiểm này
Trong bối cảnh mà các nhà phát triển game lẫn game thủ chỉ quen thuộc với những thể loại kinh điển như chiến thuật (RTS), bắn súng (FPS), game mô phỏng thể thao,... thì Shenmue đã mang đến những định nghĩa và khái niệm mang tính đột phá
Nhân vật chính của chúng ta chính là James Moriarty, một nhân vật phản diện trong tiểu thuyết Sherlock Holmes của tác giả Arthur Conan Doyle. Trong phim này, cậu là một đứa trẻ mồ hôi, cậu đã có được cái tên William James Moriarty khi được nhận nuôi bởi gia đình Moriarty. Khi còn trẻ, cậu đã tìm cách loại bỏ những căn bệnh cho hệ thống giai cấp của nước Anh gây ra.
Câu chuyện diễn ra ở thời điểm năm 2020, khi nhân loại đối mặt với đại dịch Coro... À khoan! Nhầm rồi. Câu chuyện diễn ra ở tương lai năm 2030, con người phải đối mặt với một đại nạn virus tên Gibia (tên gọi của lớp Côn trùng)
Sakura Akari là một cô bé học lớp 6. Cô bé không tin vào bản thân mình nên đã không đủ can đảm để nói những lời từ tận đáy lòng mình.Ruby là một con thỏ từ Jewelland tới thế giới nơi Akari sống để tìm kiếm cộng sự của mình. Và tại đây Ruby đã gặp Akari và cùng nhau họ đã trở thành học viên của học viện phép thuật ở thế giới Jewelpets-Jewelland. Tại đây họ đã gặp Miria, Sara và Leon và những người khác. Tấm lòng của Akari đã lan tỏa đến Miria và Sara đã làm họ trở thành bạn bè của nhau. Ước mơ