Sau khi thế giới Digimon có được hòa bình nhờ vào sự giúp đỡ của 8 đứa trẻ đến từ thế giới loài người. Nhưng Tứ Linh lúc này vẫn còn bị kẹt trong phong ấn của Dark Master do Apocalymon tạo ra và để có thể được giải thoát
500 năm trước, tại một vùng đất màu mỡ, lãnh chúa Karasumori đã mang trong mình một sức mạnh kỳ bí mà chính ông cũng không hề biết được, chính nguồn sức mạnh đó đã muốn hút những con yêu quái đến, làm cuộc sống của người dân trong thành không khi nào được yên ổn. Họ đã mời một vị pháp sư đến để diệt trừ, pháp sư Hazama Tokimori sư tổ hệ phái Hazama. Lượng yêu quái đến càng nhiều thì chính ông cũng không thể ngăn chặn lại,rồi ông lâm bệnh nặng. Và một ngày tất cả người dân trong thành đều mất
Flute là một cô gái sống tại làng nhỏ Staccato vương quốc Sforzando, cho đến khi bức tường của Nữ hoàng Horn bị phá hủy, Flute biết cô là con gái của nữ hoàng . Để bảo vệ thế giới khỏi sự đe dọa của binh đoàn Ma Quỷ, cô phải đi đến Sforzando với người bạn thời thơ ấu bí ẩn của cô, Hamel, người vẫn còn phải tìm hiểu sự thật về di vật mẹ mình để lại.
Siêu trộm Joker Mysterious, một người không chỉ có khả năng ăn trộm mà anh ta còn có thể trốn thoát tất cả mọi người một cách ngoạn mục.Anh chàng có những chuyến phiêu lưu đầy táo bạo và mạo hiểm, nến những vùng đất mới, tìm kiếm cho mình những nguồn kho báu vô tận
Shouko đi du học Mỹ về và vô tình gặp lại anh bạn trai cũ đã chia tay cô, lý do là vì đứa em gái anh ta. Trong khi đó cô em Karada đó luôn mặc cảm vì cơ thể nhỏ bé của mình dù đã vào cấp 2. Cả 2 đã gặp nhau và cùng ước ở hòn đá ước, và cơ thể họ đã bị thay đổi.