Cốt truyện sẽ đưa khán giả đến năm 2138 trong tương lai, khi khoa học công nghệ phát triển vượt bậc và ngành game thực tế ảo đang nở rộ hơn bao giờ hết. Yggdrasil, một game online vô cùng phổ biến thời gian đó bỗng dưng bị đóng cửa đột ngột, nhưng nhân vật chính Momonga lại quyết định không thoát ra ngoài và khám phá những điều bí ẩn khi thế giới ảo quanh mình ngày một thay đổi.
Vào năm thứ ba dưới triều đại của Hoàng đế Shizong, thế giới hỗn loạn và người dân rất khó kiếm sống. Chính quyền hoàng gia trung ương sụp đổ, gây ra sự phân chia các khu vực và thành lập các nhóm quyền lực độc lập. Các giáo phái và nhóm ma quỷ hoạt động bí mật và các băng nhóm khác nhau chiến đấu với nhau.
Sau khi trạm chán với đội Plasma ; 3 người Satoshi, Iris, Dent bắt đầu cuộc hành trình mới tại quần đảo Dekorora N: Là chàng trai có thể nghe được giọng nói của pokemon, đi xuyên suốt vùng Isshu để tìm ra câu trả lời cho mối quan hệ giữa Pokemon và Con người. Anh ta gọi Pokemon là những người bạn. Ghetsis Harmonia: Thủ lĩnh đội tổ chức tà ác Plasma, âm mưu thâu tóm vùng Isshu, đang tìm kiếm N.
Hành trình đi thu thập tử thi của Loạn Phá Sư Huynh Muội và Quan Tài Công Chúa. For 500 years, the Taboo Emperor, Arthur Gaz, ruled the Gaz Empire with an iron fist and conducted inhumane experiments on his own people. But his reign came to an end five years ago, when mighty warriors—later known as the Eight Heroes—defeated him in a battle for the capital.
Nó, là một vật thể bất tử, được gửi đến Trái Đất, Nó không mang cảm xúc, cũng không có danh tính. Tuy nhiên, Nó có thể nhập vào bất cứ sinh vật nào có năng lượng. Lúc đầu, Nó là một khối cầu tròn. Sau đó, Nó bắt đầu mô phỏng hình dáng của đá.