Câu chuyện này diễn ra khoảng một trăm năm trước. Nadja là một cô gái vui vẻ, tươi sáng, được nuôi dưỡng trong một trại trẻ mồ côi gần London, Anh. Nadja được giao cho trại trẻ mồ côi khi cô còn nhỏ.
Câu chuyện kể về cuộc phiêu lưu của người Do Thái hình con thỏ, người bạn tốt nhất của cô, Airi Kirara và những người Do Thái khác trong sứ mạng của họ để khôi phục Lâu đài Jewel, đã rơi từ bầu trời xuống giữa thành phố vì thiếu nhân loại niềm tin vào ma thuật. Để khôi phục niềm tin của mọi người vào ma thuật, Jewelpets biến thành con người để nghiên cứu thêm về chúng.
Nhóm Takuya đanh trên chuyến hành trình của mình thì bị lạc đến Đảo Lang Thang. Khi Takuya, Tomoki, Junpei,, Bokomon và Neamon tỉnh lại thì gặp được Kotemon. Ngay lúc đó, các Digimon tộc thú được lãnh đạo bởi Hippogriffomon đến tấn công tộc người do Darrcmon lãnh đạo.
Vào cuối thế kỷ 19, Allen Walker chính thức gia nhập tổ chức Exorcist và bắt đầu đi tiêu diệt các sinh vật được gọi là Akuma; vũ khí cơ khí do Thiên niên kỷ Earl với những linh hồn đau khổ của người chết. Allen có một con mắt bị nguyền rủa và vũ khí chống Akuma, mang sức mạnh của "Innocence", một món quà dành cho anh là một tông đồ của Chúa.
vẫn xoay quanh Makoto – thanh niên vô tình được đưa đến một thế giới song song. Makoto được định sẽ trở thành anh hùng, nhưng vì ngoại hình của cậu quá xấu so với tiêu chuẩn thẩm mỹ của các vị thần nên đã bị đày đi nơi khác.