Vào năm thứ ba dưới triều đại của Hoàng đế Shizong, thế giới hỗn loạn và người dân rất khó kiếm sống. Chính quyền hoàng gia trung ương sụp đổ, gây ra sự phân chia các khu vực và thành lập các nhóm quyền lực độc lập. Các giáo phái và nhóm ma quỷ hoạt động bí mật và các băng nhóm khác nhau chiến đấu với nhau.
Ở phần này Satoshi,Iris và Dento lại tiếp tục chuyến đi của họ tới vùng Isshu để tham gia giải đấu.Trong chuyến phiêu họ của họ đã đụng độ Nhóm Rocket vẫn như cũ Giovanni sẽ lại tiếp tục kế hoạch đánh cắp các Pokemon huyền thoại Meloetta. Hikari và Shirona cùng những vị khách mới sẽ xuất hiện.
Nueno Mesuke,Hay còn gọi là "Nube", là một thầy giáo nhưng công việc không chỉ có dạy học mà còn rất nhiều việc khác... Nói nhiều mất hay nhiêu đó thôi.
Tại một thế giới dưới lòng đất nào đó mang tên là Endra được chiếu sáng bởi Adamas khổng lồ. Một ngày nọ, Shun Asanaga - một học sinh trung học 15 tuổi người trên mặt đã vô tình chạm vào 1 tinh thể của người cha cũng là nhà khoa học mình và bị dịch chuyển đến Endra.
Thanh niên Satou Mikami hưởng dương 37 năm, chuyển sinh trở thành slime và xây dựng một đế chế mới cùng với những người bạn quái vật của mình.