Tomozaki là một trong những game thủ giỏi nhất Nhật Bản và theo quan điểm của cậu, trò chơi đời thực là một trong những thứ dở nhất. Không có quy tắc rõ ràng để thành công, sự cân bằng khủng khiếp và chả có ý nghĩa gì. Nhưng sau đó, cậu gặp một game thủ cũng giỏi như mình và cô ta đề nghị dạy cho cậu một vài thứ về game mà cậu chưa biết.
Một cơn gió giống như bệnh dịch thổi qua vùng đất cát khô cằn của Nhật Bản thời hậu tận thế. Khi nó quét qua người sống và người không sống, rỉ sét là tất cả những gì còn sót lại trong quá trình hoạt động của nó. Nguyên nhân của tình trạng thảm khốc của thế giới được cho là do bào tử nấm.
Do quá mệt mỏi vì cái công việc bế tắc của mình, Sasaki quyết định nhận nuôi Peeps, một chú sẻ java đáng yêu. Tuy nhiên, Peeps thật ra là Piercarlo, một hiền giả mạnh mẽ đến từ thế giới khác!
Cốt truyện xảy ra vào 10 năm sau của Yu-Gi-Oh phần đầu. Lúc này Yugi Muto đã trở thành một tượng đài bất diệt trong làng bài ma thuật. Nhân vật chính của series là Yuki Judai, một thiếu niên đam mê bài ma thuật quyết tâm trở thành Vua đấu bài. Cậu tham dự kỳ thi tuyển vào học viện đào tạo bài thủ Duel Academy và được xếp vào nhà Osiris Red.
This series is set about two months after the events ocurred in the Tuatha de Danaan at the end of the original series. Mithril becomes aware of a secret organization that has technology able to counter the ECS (Electronic Cloaking System) mode