Vị vua nửa xứ Uruk, Gilgamesh, được coi là một huyền thoại huyền thoại ... cho đến khi ngôi mộ hùng vĩ của ông được phát hiện ở Trung Đông. Mật mã hoàng gia này đã thu hút các nhà khoa học từ khắp nơi trên thế giới đến vùng đất, và với điều đó đã được công nhận danh tiếng của họ. Trong một nỗ lực chung, họ đã xây dựng Cổng Trời để theo đuổi sự tiến bộ của kiến thức con người.
Cốt truyện của Atom The Beginning diễn ra tại Nhật Bản sau một cuộc đại tai vạ. Trong thời điểm hoang tàn đó, có 2 thiên tài luôn mơ về tương lai, đó chính là Umatarou Tenma và Hiroshi Ochanomizu. Cả hai đã làm việc ngày đêm trong phòng nghiên cứu robot - Tenma tạo ra "thần" và Ochanomizu tạo ra "người bạn".
Momo một nữ sinh cao trung tại thành phố Sorasaki. Nhưng đấy chỉ là vỏ bọc của cô thôi. Đằng sau thân phận học sinh, Momo chính là một điệp viên của cục tình báo Tsukikage - nơi bảo vệ thành phố và người dân. Dưới sự dẫn dắt của cấp trên Yuki và những người bạn của mình, họ cùng nhau duy trì trật tự hòa bình của thành phố này. Câu chuyện sẽ theo chân cuộc hành trình của 6 cô gái dũng cảm.
Ba chị em Hozuki, Kazuki, và Hazuki là dòng dõi của Galileo và sở hữu các tính cách khác biệt, nhưng họ chưa bao giờ thân nhau. Vào một ngày nọ, họ bị bắt cóc bởi một tổ chức bí ẩn. Tổ chức này đang tìm "Galileo Tesoro" mà Galileo Galilei khám phá được. Chẳng hiểu chuyện gì đang diễn ra, 3 người họ tẩu thoát trên chiếc phi thuyền người em út làm. Dù xem nhau như người xa lạ nhưng giờ đây họ phải giúp đỡ lẫn nhau. Mục đích của tổ chức theo đuổi? Tesoro là gì? Và cả mối quan hệ của 3 chị em sẽ ra
Đây là seri đầu tiên mở ra kỉ nguyên mới của vũ trụ (trong anime): Cosmic Era (CE). Đây là thời đại mà con người đã tạo ra được một thế hệ người biến gien - Coordinator. Họ mang trong mình những tố chất tuyệt vời mà con người mong muốn hằng bao thế kỉ: trí óc thông minh hơn, thể chất khỏe mạnh hơn... Nhờ đó, rất nhiều Coordinator đã dành được những vị trí danh giá trong xã hội, được nhiều người vị nể, kính trọng. Thế nhưng, đố kị lại là bản tính của con người. Những con người bình thường (được