Năm 2089, 89 năm kể từ chiến tranh vũ trụ thứ nhất, đã thay đổi cuộc sống của hai chủng tộc con người và Zentradi. Cả hai chủng tộc hiện đang chung sống hòa bình trên Trái Đất thì bỗng nhiên một chủng tộc mới xuất hiện trên hệ Mặt Trời tên là Marduk. Giữa chiến trường của Lực lương không gian Liên Hợp Quốc với hạm đội Marduk, phóng viên tập sự Hibiki đã phát hiện ra Ishtar
Tatsumi là một chiến binh nhỏ tuổi (chắc thế), vì muốn cứu ngôi làng của mình mà cậu cùng 2 người bạn đã dứt áo ra đi lên thủ đô, một nơi vốn đã tha hóa và trở thành địa ngục trần gian. Và xui xẻo thay, cậu vừa đến được thủ đô thì bị lừa mất sạch tiền bạc bởi một cô gái, thế nhưng cậu lại được một cô gái xinh đẹp khác giúp đỡ trong lúc gặp khó khăn.
Sau khi được triệu tập đến một thế giới khác—Eclair, người được biết đến như một người đàn ông dũng cảm đã dập tắt các cuộc chiến giữa con người, thú nhân và ác quỷ và mang lại hòa bình cho thế giới, đã được tái sinh vào thế giới ban đầu sau chiến tranh.
Câu chuyện thần thoại về kiếm và ma thuật xoay quanh một học viên của Đế quốc Roland,Ryner Lute.Vị vua sắp lên ngai Sion Astal đã yêu cầu cậu giúp đỡ xây dựng lại vương quốc Roland suy tàn sau chiến tranh bằng cách đi tìm các thánh tích truyền thuyết
Seiya và phần còn lại của Bronze và Gold Saints đã sống sót sau cuộc chiến Sanctuary đã bước vào thế giới của người chết. Họ đang chiến đấu để có được Hades và đánh bại anh ta.